Почему материалы самостоятельно переносятся из Legacy mtl в PhysicalMtl и как это исправить

Скорее всего применяли Corona Converter, например, для конвертации вреевских материалов, а он заодно и короновские в физикал конвертит. Если причина в этом, то пользуйтесь старым конвертером, запуская его через run script или как удобно. Я использую версию 1.42, вроде еще 1.47 была, которая сохраняет legacy. Ну или в новом конвертере ставьте галочку Materials of selected objects, чтобы он не трогал невыделенные объекты

Смею предположить что в конвертере не отжимаете галочку:

Блин, я и не помнил эту галку ) Старым конвертером пользуюсь, тк вреевские лучше в легаси конвертить, 

если уже начал делать проект,не сняв эту галочку ,то уже постоянно в этом файле будет все само переноситься в физикал?Когда конвектил , не снимал ее 

Я как-то к физикал привык уже))

Нет, её нужно снимать при каждом конверте. То есть если у вас сейчас сделан определённый этап, уже сконверченные материалы будут физикал. Но дальше, если вы будете добавлять новые объекты, будете проводить конвертацию - и уже у них легаси не будет конвертиться, если вы будете убирать галочку.